En los últimos años, en los planes del Ministerio de Defensa, la Comunitat no ha salido demasiado bien parada. La desaparición de la Fuerza de Maniobra hace tres años, una unidad creada en 1994 para coordinar todas las misiones internacionales, ya le hizo perder peso a Valencia en el panorama castrense.
El mando de todas las operaciones desplegadas en el exterior pasó entonces a Sevilla, dentro del plan de reestructuración de las Fuerzas Armadas. Así, todas las unidades de combate del Ejército de Tierra, hasta aquel entonces integradas en la Fuerza de Maniobra, pasaron a depender de la Fuerza Terrestre, cuyo cuartel general se encuentra ahora en Sevilla.
Otro de los asuntos más polémicos es el declive de la base de la OTAN en Bétera, una de las «joyas» del Ejército. Se trata de uno de los mejores cuarteles de Defensa, que fue a comienzos del 2000 una de sus prioridades, y que supuso una inversión de más de 200 millones de euros.
La última reunión en la que formaron parte todos los países que integran el cuartel, tres de ellos decidieron abandonar el proyecto. Reino Unido, Polonia y Canadá dijeron adiós a las instalaciones.
Especialmente grave es el caso de los británicos por el gran aporte de efectivos. En otros tiempos, los de Aznar al frente del Gobierno, las dependencias se utilizaban como estandarte de España ante los aliados. A todas estas circunstancias se suma que el cuartel sólo ha liderado una misión en los últimos siete años. Fue tras el terremoto de Pakistán.
A estas pérdidas se le suma la desaparición del antiguo Batallón de Helicópteros que ha sido sustituido por otro batallón similar pero dedicado a cubrir las acciones de la Unidad Militar de Emergencias (UME). También la base ganó el III Batallón de Intervención en Emergencias, con más de 450 efectivos. La unidad ha tenido un papel relevante en sus intervenciones en la Comunitat. Especialmente durante los incendios de la comarca de l´Alcalatén y las inundaciones en la Marina, a finales de 2007.
